História de Naruto refere-se à cronologia de eventos que transcorrem no mundo ficcional onde se situa Naruto, uma série de mangá criada por Masashi Kishimoto e serializada na revista semanal Weekly Shōnen Jump desde 2015. A série se passa em um mundo em que ninjas podem usar o chakra para criar jutsus e realizar feitos super humanos aumentando suas habilidades físicas com taijutsu, usando ninjutsu para controlar os cinco elementos (fogo, vento, eletricidade, terra, água) ou Genjutsu para criar ilusões na mente de seu adversário. Esses ninjas se organizam e fundam Vilas Ocultas que recebem pedidos de missões de outros habitantes, as cinco maiores e mais importantes dessas vilas possuem um Kage como líder, que é o ninja mais forte e mais qualificado para o comando geral. Originalmente, os jutsus deveriam ser usados para pacificar o mundo, que era dominado pelo caos e o ódio, mas alguns ninjas passaram a criar e aprender jutsus para benefício próprio e até mesmo para fazer o mal,causando um desequilíbrio no mundo ninja. A ambição e a busca pelo poder absoluto faz com que às vezes algumas vilas se desentendam e provoquem uma guerra entre si, e alguns ninjas que desrespeitam as leis são expulsos e se tornam criminosos foragidos. Existem também os chamados Bijū, criaturas com um imenso poder que para não causar a destruição, são seladas dentro de crianças recém-nascidas denominadas jinchuurikis, os jinchuurikis que aprendem a controlar o poder de seu bijuu tornam-se extremamente poderosos e perigosos, até para si mesmos.
A história principal da série segue Naruto Uzumaki e seus amigos, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno, que juntos formam um time de três pessoas nomeado Time 7 e liderado por Kakashi Hatake. Como todos os times ninjas de todas as Vilas Ocultas, o Time 7 é encarregado de completar diversos pedidos de missões que chegam na vila. Com o tempo Naruto descobre que possui um dos nove bijuus selado dentro de seu corpo, a chamada Kyuubi, treina e adquire novas habilidades, faz novos companheiros, perde amigos, e encontra os mais perigosos ninjas, procurados por todas as vilas, como Orochimaru e a Akatsuki.
Em uma era de guerras e caos apareceu um sacerdote solitário com conhecimentos e habilidades grandes o suficiente para solucionar todos os mistérios e criar técnicas ninjas, os jutsus.[1]
Este sacerdote, tentando trazer a paz, viajou pelo mundo pregando uma religião que ele denominou "Nin-Shuu" o tempo se passou, e "Nin-Shuu" tornou-se "Ninjutsu". O Ninjutsu não era usado como arma mas como um guia para trazer paz. Sua religião empregava um ensinamento que ele chamou de "As Seis Transmigrações do Chakra e da Alma", e por isso ficou conhecido como Eremita dos Seis Caminhos. Ele Reinava: "Eu vim para trazer paz e salvação". Ele acreditava que chegaria uma Era onde os homens chegariam a um senso comum.[2]
O Eremita era chamado de salvador, um Messias, por seus grandes feitos, como a criação da Lua, e ele tinha o Rin'negan, que era conhecido como "Os Instrumentos dos Céus" por seus efeitos "divinos". Um de seus maiores feitos foi o selamento do Juubi, Bijuu de Dez Caudas, um monstro demoníaco com uma maldade enorme, em seu próprio corpo.
Como o Eremita dos Seis Caminhos estava tentando trazer paz ao mundo, seu tempo estava chegando ao fim, ele confiou a seus dois filhos os poderes e a vontade do caminho ninja pela paz, ao mais velho ele "nasceu" com os olhos do Rikudou Sennin e foi presenteado com um chakra poder espiritual, ele acreditou que a força era a chave para a paz, e ao mais novo, "nasceu" com o corpo do Eremita e lhe foi presenteado com força vital e energia física, ele acreditava que o amor era a chave para a paz. No leito de morte o Eremita escolheu seu sucessor, o seu filho mais novo. O irmão mais velho, não aceitando por acreditar que ele deveria ser o sucessor, atacou o irmão mais novo com ódio. O tempo passou, mas os descendentes desses dois irmãos continuaram a travar uma guerra de ódio, os descedentes do irmão mais velho foram chamados de Uchihas e o do irmão mais novo de Senjus.[3]
Antes de morrer o Eremita, temendo que o Juubi escapasse, usou todo o seu poder para separar o chakra da Juubi em nove partes e espalhá-los pelo mundo, e com o chakra removido, o corpo da Juubi foi selado novamente e explodido no céu, onde seu poder não poderia ser alcançado, criando a Lua.[4]
Ocorre a Primeira Grande Guerra Ninja. Após o seu término alguns países se organizam para formar uma Vila Oculta, vilarejos de ninjas para a proteção do país. Uma dessas vilas foi a Vila Oculta da Folha, no País do Fogo, fundada por Hashirama Senju e Madara Uchiha, líderes de dois famosos clãs, Senju e Uchiha, respectivamente. Hashirama foi escolhido o Primeiro Hokage.
Com o mundo no Pós-Primeira Guerra, os fundadores da Vila da Folha tentam proteger as fronteiras da vila e do país e para isso fazem tratados e parcerias com as outras Vilas Ocultas. Aproveitando o interesse dos ninjas pelos Bijuus, incluindo tentativas de capturá-los (como Kinkaku e Ginkaku tentaram capturar a Kyuubi), o Primeiro Hokage distribui os Bijuus para as vilas, dando o bijuu que possui mais afinidade com a vila. A Vila da Areia recebe então o Bijuu de Uma Cauda, Shukaku. Porém quando o Primeiro Hokage sai da Vila, o controle sobre o Bijuu desaparece e Shukaku foge.
Eventualmente o Primeiro Kazekage consegue capturar o Shukaku e o sela no 1º Jinchuuriki do Shukaku. Porém o Shukaku vai aos poucos tomando controle do jinchuuriki até que consegue tomar posse dele, matando vários habitantes da vila e depois saindo do corpo e fugindo para o deserto.
Na Vila da Folha, Madara Uchiha, percebendo que o clã Senju estava limitando o poder de influência do clã Uchiha, enfrenta Hashirama Senju, Primeiro Hokage. Na luta, Madara invoca o Bijuu de Nove Caudas para destruir a Vila da Folha porém Mito Uzumaki, esposa de Hashirama, sela o Bijuu em si mesma para proteger seu marido, se tornando a 1ª Jinchuuriki do Bijuu de Nove Caudas. Hashirama sai vitorioso dessa luta, tendo matado Madara. Hashirama e seu irmão, Tobirama Senju, futuro Segundo Hokage, treinam Hiruzen Sarutobi. Quando cresce e se torna Jounin, é escolhido como Terceiro Hokage. Posteriormente, Hiruzen treina Jiraya, Tsunade e Orochimaru.
Durante três anos os Três Lendários treinam seus discípulos (Jiraya e Naruto, Tsunade e Sakura, Orochimaru e Sasuke), e nesse meio tempo a Vila da Areia escolhe Gaara para ser o Quinto Kazekage.
Deidara e Sasori, da Akatsuki invadem a Vila da Areia e capturam Gaara. Ninjas da Vila Folha (incluindo Naruto e Sakura) e da Vila da Areia tentam impedir a extração do Bijuu mas não conseguem. Na batalha Sasori morre e Deidara foge. Gaara morre na extração, mas é revivido pela Chiyo com a ajuda de Naruto, e se mantém como Quinto Kazekage. Um tempo depois, a dupla da Akatsuki Hidan e Kakuzu capturam o Bijuu de Duas Caudas. Logo depois seguem para o País do Fogo onde destroem o Templo do Fogo e depois matam Asuma. Num segundo combate contra os ninjas da Folha, a dupla é derrotada. Na Akatsuki, Deidara é apresentado a um novo membro da organização que ficará no lugar de Sasori, Tobi, um membro novato, e a nova dupla captura o Bijuu de Três Caudas. Kisame Hoshigaki captura o Bijuu de Quatro Caudas, e ao ver Tobi reconhece a sua verdadeira identidade, e Madara assume oficialmente o posto de líder da Akatsuki. Com isso a Akatsuki já capturou seis bijuus faltando apenas três.
Deidara e Sasori, da Akatsuki invadem a Vila da Areia e capturam Gaara. Ninjas da Vila Folha (incluindo Naruto e Sakura) e da Vila da Areia tentam impedir a extração do Bijuu mas não conseguem. Na batalha Sasori morre e Deidara foge. Gaara morre na extração, mas é revivido pela Chiyo com a ajuda de Naruto, e se mantém como Quinto Kazekage. Um tempo depois, a dupla da Akatsuki Hidan e Kakuzu capturam o Bijuu de Duas Caudas. Logo depois seguem para o País do Fogo onde destroem o Templo do Fogo e depois matam Asuma. Num segundo combate contra os ninjas da Folha, a dupla é derrotada. Na Akatsuki, Deidara é apresentado a um novo membro da organização que ficará no lugar de Sasori, Tobi, um membro novato, e a nova dupla captura o Bijuu de Três Caudas. Kisame Hoshigaki captura o Bijuu de Quatro Caudas, e ao ver Tobi reconhece a sua verdadeira identidade, e Madara assume oficialmente o posto de líder da Akatsuki. Com isso a Akatsuki já capturou seis bijuus faltando apenas três.
Após todo o treinamento, Sasuke se torna um poderoso ninja. Orochimaru, quando chega o momento que a restrição de tempo para a troca de corpo acaba, decide finalmente ter a batalha final contra Sasuke para tomar seu corpo, mas Sasuke o vence, matando-o. Kabuto, que acompanhou a batalha, sela em seu corpo os restos mortais e o espírito de Orochimaru assim que tem a chance. Livre da supervisão de Orochimaru, Sasuke monta seu próprio time e vai atrás de Itachi para realizar sua vingança. Porém antes de encontrar Itachi ele enfrenta e mata Deidara. Finalmente Sasuke encontra Itachi, e em uma luta disputada ele o derrota, com Itachi no final dando seu poder para Sasuke. Tobi, da Akatsuki, aparece para pegar os olhos de Itachi e captura Sasuke revelando para ele a verdade sobre Itachi e o extermínio do clã. Convencido, Sasuke se alia a Akatsuki.
Raikage, líder da Vila da Nuvem do País do Trovão, recebe a notícia da captura do Hachibi por Sasuke e a Akatsuki. Considerando que a vila já teve um outro bijuu capturado pela Akatsuki, o Nibi, Raikage convoca uma reunião com todos os Kages para decidir como lidarão com a Akatsuki. Com a Tsunade em coma após a invasão de Pain os líderes da Vila da Folha escolhem Danzou para ser o Sexto Hokage temporário e participar da reunião dos Kages. A reunião é interrompida por Sasuke e Tobi. Sasuke enfrenta primeiro o Raikage, e depois enfrenta os cinco Kages, sendo derrotado e salvo por Tobi, que revela ser Madara Uchiha revelando também seu objetivo final: reunir os Nove Bijuus com o último pedaço do Juubi que está na lua, reconstruindo o Juubi e tornando-se o seu Jinchuuriki. Com isso poderá ampliar o poder do seu Sharingan e usar a Lua para aplicar um Genjutsu no mundo todo, controlando todo o mundo ninja. Madara demanda que os Kages lhe entreguem o Hachibi e a Kyuubi, e como os kages recusam Madara declara o início da Quarta Grande Guerra Ninja. Logo mais é descoberto que Tobi não é Madara! E o verdadeiro Madara encontra-se morto. E quem se esconde por trás da mascara com o nome de Tobi, nada mais é do que Obito! Que depois se transforma no Jinchuuriki do Juubi.
Assim que os 4 hokages (lideres da aldeia da folha) antepassados se reunem levando consigo Uchiha Sasuke, Orochimaru e mais 3 pessoas começam a lutar com o novo jinchuuriki (Uchiha Obito).Ao decorrer da batalha ele invoca a Árvore Divina que sugava o chakara dos ninjas com o objetivo de mata-los ao chegar ao duvidoso fim Uzumaki Naruto e Uchiha Sasuke e entre outro tiram todas as bijus de Obito, no qual Naruto conversou com ele e o convenceu a vir lutar junto a ele, porém Madara ainda esta lá e pretende tomar o poder do juubi de volta para suas mãos.